1979-1988
Ο Θεσπρωτός συμμετείχε στα πρωταθλήματα της ΕΠΣ Κέρκυρας.
Το κατέκτησε 2 φορές εξασφαλίζοντας την άνοδο του στις εθνικές
κατηγορίες. Δεν κατάφερε όμως να παραμείνει και υποβιβάστηκε άμεσα. Με
την δημιουργία της ΕΠΣ Θεσπρωτίας το 1984 μετακόμισε σε αυτήν και άρχισε να πρωταγωνιστεί. Κατέκτησε το πρωτάθλημα του 1984-85 και ανέβηκε στην Δ' Εθνική.
Για άλλη μια φορά δεν κατάφερε να παραμείνει στην κατηγορία. Το 1986-87
κατέκτησε ξανά το τοπικό πρωτάθλημα και συμμετείχε στο ειδικό ερασιτεχνικό πρωτάθλημα 1987 χωρίς να καταφέρει να κερδίσει την άνοδο. Το 1987-88 κατακτά ξανά το τοπικό πρωτάθλημα και συμμετέχει ξανά στο ειδικό ερασιτεχνικό πρωτάθλημα 1988. Αυτήν την φορά κατάφερε να κερδίσει την άνοδο του στην Δ' Εθνική.
1988-2003
Από την περίοδο 1988-89 μέχρι την περίοδο 1994-95 ο Θεσπρωτός συμμετέχει στην Δ' Εθνική. Κάποιες χρονιές πρωταγωνιστεί αλλά δεν κατάφερε να ανέβει στην Γ' Εθνική. Το 1994-95 υποβιβάστηκε στα τοπικά. Την επόμενη χρονιά κατέκτησε ξανά το τοπικό πρωτάθλημα και επέστρεψε άμεσα στην Δ' Εθνική. Μετά από 3 χρονιές κατάφερε να κερδίσει την άνοδο στην Γ' Εθνική. Ο υποβιβασμός ήταν άμεσος στην Δ' Εθνική
ενώ την επόμενη χρονιά υποβιβάστηκε στα τοπικά γνωρίζοντας δεύτερο σερί
υποβιβασμό. Το 2001-02 κατακτά το τοπικό πρωτάθλημα και ανεβαίνει άμεσα
στην Δ' Εθνική. Δεν μπόρεσε να σταθεί και υποβιβάστηκε στα τοπικά.
2003-2012
Τα
επόμενα χρόνια ο Θεσπρωτός συμμετείχε στο τοπικό πρωτάθλημα χωρίς να
καταφέρει να το κερδίσει. Το 2007-08 τελικά κατέκτησε το πρωτάθλημα και
ανέβηκε ξανά στην Δ' Εθνική. Για τα επόμενα 4 χρόνια αγωνίστηκε στην Δ' Εθνική. Πρωταγωνίστησε στην κατηγορία αλλά δεν κατάφερε να ανέβει στην Γ' Εθνική. Την σεζόν 2011-12 υποβιβάστηκε για άλλη μια φορά στα τοπικά.
2012-2018
Το 2012-13 ο Θεσπρωτός κατέκτησε το πρωτάθλημα και συμμετείχε στο ειδικό ερασιτεχνικό πρωτάθλημα 2013. Ανέβηκε ξανά στη Γ΄ Εθνική όπου και παρέμεινε για τα επόμενα χρόνια. Στην επανεμφάνισή του στην Γ' Εθνική κατέλαβε την 7η θέση και κατάφερε να παραμείνει στην κατηγορία για πρώτη φορά. Τη σεζόν 2014-15 κατέλαβε την 5η θέση ενώ την σεζόν 2015-16 κατέλαβε την 6η θέση. Την σεζόν 2016-17 τερμάτισε στην 9η θέση ενώ την σεζόν 2017-18 κατέλαβε ξανά την 5η θέση.
2018-2019
Το 2018-19
είναι μια ιστορική - γιορτινή χρονιά για την ομάδα. Αυτό γιατί εκείνη την
χρονιά μέσα από μια σειρά επιτυχών αποτελεσμάτων παρόλο το κακό
ξεκίνημα που είχε κατέλαβε την δεύτερη θέση στο πρωτάθλημα και
προκρίθηκε για τα μπαράζ ανόδου. Εκεί κληρώθηκε με έναν δυνατό και
ιστορικό αντίπαλο για τα δεδομένα της ομάδας την Νίκη Βόλου. Ο Θεσπρωτός όμως παρόλο την διαφορά δυναμικότητας των δύο ομάδων στον πρώτο αγώνα που έγινε στον Πανθεσσαλικό Στάδιο στις 5 Μαΐου 2019 νίκησε την Νίκη Βόλου
με σκορ 0-1 παίρνοντας έτσι το πλεονέκτημα με το εκτός έδρας γκολ. Μια
εβδομάδα μετά στον επαναληπτικό αγώνα στις 12 Μαΐου στo κατάμεστο
Δημοτικό Στάδιο Ηγουμενίτσας επικράτησε της Νίκης Βόλου με 2-0 και
κατάφερε να πάρει την ιστορική άνοδο στην Β΄ Εθνική
(Football League) για πρώτη φορά στην ιστορία του. Παρά την άνοδό του,
ουσιαστικά συμμετείχε ξανά στην τρίτη κατηγορία με την αναδιάρθρωση των
κατηγοριών.
2019-2020
Το 2019-20
το πρωτάθλημα έφτασε ως με τα μέσα με την ομάδα να σημειώνει σημαντικά
και ιστορικά αποτελέσματα αλλά διακόπηκε εξαιτίας της πανδημίας του
κορονοϊού. Ο Θεσπρωτός τερμάτισε στην 10η θέση με 24 βαθμούς. Το 2020-21 τερμάτισε στην 6η θέση και κέρδισε το δικαίωμα συμμετοχής στην νέα Σούπερ Λιγκ 2.
2021-2023
Η ομάδα έπειτα από την ιστορική της άνοδο στην Β κατηγορία του Ελληνικού
πρωταθλήματος παρέμεινε για δύο συνεχή χρόνια. Παρά τις δυσκολίες
κατάφερε την πρώτη αγωνιστική χρονιά να παραμείνει και να συνεχίσει στην
κατηγορία αυτή. Το δεύτερο έτος η ομάδα «τσακίστικε» οικονομικά από τις
επιπτώσεις της πανδημίας αλλά και από την μη καταβολή των οικονομικών
υποχρεώσεων του φορέα της.
2023-2024
Για το αγωνιστικό έτος 2023-2024 η ομάδα αγωνίζεται στην Γ Εθνική κατηγορία, με πλήρη ανανέωση του ρόστερ.